Как считаются скидки и купоны?

Очень не правильно скитаются скидки. Например, есть купон на скидку 5%, ввожу его и он отнимает эти 5%, но если товар стоит со скидкой, то он вместо того, чтобы отнять их от базовой цены, отнимает 5% от уже сниженной цены. Это не правильно. Так же работает и общая система скидок.

Еще одна проблема у купонов, они не работают для конкретных товаров.

Ну тут не неправильно, просто реализовано так. Он отнимает не от цены товара, а от общей стоимости заказа.
Возможно в настройках где-то есть, чтобы не учитывать скидки.

Источник